Molen De Helper werd in 1863 aan de oostzijde van het Noord-Willemskanaal gebouwd onder Helpman, gemeente Haren. De bouw vond plaats ten behoeve van de bemaling van het in 1862 opgerichte waterschap Helpman. De bouwer was molenmaker P. Medendorp te Zuidlaren. In 1916 kreeg de molen in een naastgelegen gebouwtje een 16 PK Brons ruwoliemotor als hulpkracht. In datzelfde jaar werd tevens een nieuwe roede besteld. Sinds 1916 viel Helpman onder de gemeente Groningen.
In 1955 was de toestand van de molen slecht na een periode zonder onderhoud. In dat jaar werden beide roeden gestreken, waarna De Helper als onttakelde romp met kap bleef staan. Vanwege uitbreidingsplannen van de gemeente Groningen kon de molen op die locatie niet gehandhaafd blijven. De afbraak vond plaats in 1969, waarna de onderdelen tijdelijk aan het Hoornsediep werden opgeslagen.
Het Meerschap Paterswolde, inmiddels eigenaar geworden, liet de molen in 1970 en 1971 herbouwen aan de oostoever van het Paterswoldsemeer. De herbouw werd uitgevoerd door molenmaker J.D. Medendorp (kleinzoon van P. Medendorp). De firma Dunning te Paterswolde voerde de fundering en de waterlopen uit onder toezicht van Rijkswaterstaat. Het gaandewerk (bovenwiel, bonkelaars, vijzelwiel en vijzel) werd vervaardigd door molenmakers Roemeling en Molema te Scheemda, en de firma Bremer te Adorp leverde de roeden. De opening vond plaats op 9 september 1971. De molen maalde toen in circuit en sloeg nog geen water uit op de boezem. De bestemming werd het bemalen van het Meerschap Paterswolde op vrijwillige basis.
In de periode 1996-1997 restaureerde molenaar Leen Duijm de molen. De windpeluw en de korte spruit met schoren werden als eerste vernieuwd. Op Nationale Molendag 1997 maalde een nieuwe vijzel water weg, en in diezelfde zomer kregen de kap en de molenromp nieuwe bekleding. In het voorjaar van 1998 werden het kruirad en de kruipalen vervangen, nadat de bestrating rond de molen was aangelegd. Mw. N.E. Gerritsma (burgemeester van Haren en voorzitter van het Meerschap Paterswolde) lichtte op 24 juni 1998 de vang voor de heropening.
In de zomer van 2001 voerde Leen Duijm werkzaamheden uit aan de roeden, het hekwerk en de fokken. De remkleppen in het fokwieksysteem zijn per end handmatig in te stellen via een ijzeren strip met gaten, scharnierend verbonden aan de klep, die met een bout en moer op een vast punt bij de roede wordt vastgezet.
